در انیمیشن اما کوچولو دختری مینیاتوری به نام اِما را روایت می‌کند که توسط حیوانات بزرگ شده است. با گذشت زمان، حیوانات نسبت به حضور اِما در سرزمین‌شان اعتراض می‌کنند. اِما تصمیم می‌گیرد برای یافتن دیگر انسان‌های کوچک، سفری پرماجرا را آغاز کند. او به همراه دوستانش، نیوتن لاک‌پشت و ادوارد روباه دانشمند، با بالنی به جزیره‌ای مرموز سفر می‌کند. در این جزیره، اِما با چالش‌ها و خطرات متعددی روبه‌رو می‌شود و حقایق جدیدی دربارهٔ خود کشف می‌کند....